Ο Μάριος Φραγκούλης κατάγεται από την Κάσο της Δωδεκανήσου (από τη μεριά του πατέρα του) και από την Κέρκυρα (από τη μεριά της μητέρας του). Γεννήθηκε στις 18 Δεκεμβρίου 1967 στην τότε Ροδεσία (νυν Ζιμπάμπουε) της Αφρικής, αλλά μεγάλωσε και πήγε σχολείο στην Αθήνα, όπου τον μεγάλωσαν η αδελφή της μητέρας του και ο άντρας της, τους οποίους και θεωρεί ως αληθινούς του γονείς. Σπούδασε βιολί επί 12 χρόνια – 4 με τον Βατικιώτη στο Ελληνικό Ωδείο και 8 με τον Δεσποτίδη στο Ωδείο Αθηνών.

Σε ηλικία 11 ετών πραγματοποίησε την πρώτη του μικρή δισκογραφική του εργασία, τραγουδώντας το ρόλο του Issachar στο musical του Andrew Lloyd Webber «Joseph and his amazing technicolour raincoat». Τότε πραγματοποίησε και την πρώτη του γνωριμία με το «Άξιον εστί» του Θεοδωράκη, όπου τραγούδησε ως σολίστ (το μέρος του Λαϊκού Τραγουδιστή), σε μια παράσταση η οποία κέρδισε στο διαγωνισμό καλύτερης χορωδίας.

Φοιτούσε σε αγγλικό σχολείο, που οργάνωνε τακτικά θεατρικές παραστάσεις, κι έτσι από πολύ νωρίς δοκίμασε τις δυνάμεις του σε πολλά έργα: σε ηλικία 15 ετών, ας πούμε, ήταν ο κονφερανσιέ στο «Καμπαρέ» και 16 ετών έπαιξε τον Τόνυ στο «West Side Story». Το μέλλον του είχε αποφασιστεί: τέρμα το βιολί, ανήκε στο θέατρο!