Στο θέμα των αφορισμών στους οποίους προχώρησε ο Αμβρόσιος αναφέρθηκε σε συνέντευξή του στην Καθημερινή ο Αρχιεπίσκοπος Αθηνών Ιερώνυμος,ενώ αναφέρθηκε και στο γεγονός πως οι δυό τους ήσαν συμφοιτητές και συγκάτοικοι. Ο Αρχιεπίσκομος, ερωτώμενος για το θέμα των αφορισμών, απάντησε:

"Με τον Αιγιάλειας ήμαστε συμφοιτητές, μείναμε στον ίδιο χώρο, προερχόμαστε από τους ίδιους κύκλους, το πρώτο που θέλω να σας καταθέσω, δεν έχει μίσος μέσα του. Δεν είναι αυτό που λέμε μισάνθρωπος κ.λπ.

Όμως έχει μερικές ιδέες οι οποίες είναι ελαφρές. Οι οποίες τελευταία έχουν γίνει επικίνδυνες. Επιτίθεται σε όλους μας. Δεν τον αναγνωρίζουμε κι εμείς πολλές φορές. Ούτε εγώ τον αναγνωρίζω."

Στην ερώτηση αν του έχει μιλήσει ο ίδιος προσωπικά, ο Αρχιεπίσκοπος απάντησε:

"Ναι. Θα σε αγκαλιάσει, θα σε φιλήσει. Ναι. Αλλά πιστεύει, όπως το έγραψε στην κα Κεραμέως, σ' αγαπώ πολύ κ.λ.π.
Άμα μ' αγαπάς πολύ πως μου το κάνεις αυτό το πράγμα; Δεν έχει δικαίωμα να το κάνει, τον αφορισμό, είναι θέμα της Ιεραρχίας της Εκκλησίας της Ελλάδας και θέλει και διάταγμα. Δεν έπρεπε να το κάνει αυτό το πράγμα. Μου στέλνει ένα γράμμα τώρα, ότι ήταν πλαστή η δική μου η δήλωσις διότι δεν συνεδρίαζε η Ιερά Σύνοδος, αλλά αυτά είναι για τους αγράμματους, για τους έξω.

Η Ιερά Σύνοδος έχει το γραφείο τύπου, το οποίο πρέπει να δώσει μια απάντηση, δε μπορεί να καλέσει τη Σύνοδο και να μην δοθεί απάντηση. Φτάνει πολλές φορές να κάνει κάποια πράγματα που τον εκθέτουν γενικότερα.."