Δυο ιστορικές διοικήσεις, η Ναυτική Διοίκηση Βορείου Ελλάδος και η Ναυτική Διοίκηση Ιονίου, φαίνεται ότι θα βάλουν λουκέτο στο πλαίσιο της αναδιοργάνωσης των Ενόπλων Δυνάμεων.

Σύμφωνα με πληροφορίες του Armyvoice.gr το ΓΕΕΘΑ έχει ζητήσει από το Πολεμικό Ναυτικό να συνεισφέρει στο κλείσιμο Μονάδων, κατ' αναλογίαν με τις Μονάδες που μελετάται να κλείσουν στον Στρατό Ξηράς. Στα σχέδια του ΠΝ είναι να "θυσιάσει" την Ναυτική Διοίκηση Βορείου Ελλάδος και τη Ναυτική Διοίκηση Ιονίου, για να εξοικονομήσει λίγες θέσεις προσωπικού.

Τα σχέδια αυτά βρίσουν τις αντιρρήσεις αρκετών στελεχών, που υποστηρίζουν ότι εάν κλείσουν αυτές οι Μονάδες, τότε δεν θα υπάρχει ναυτική παρουσία στα δυο μεγάλα λιμάνια, την Θεσσαλονίκη και την Πάτρα, με ο,τι αυτό μπορεί να συνεπάγεται.

Μάλιστα υποστήριζαν ότι δεν μπορεί την ώρα που στην Βόρεια Ελλάδα συμβαίνουν σημαντικές επενδύσεις αλλά και υπάρχουν σημαντικά σχέδια σε εξέλιξη, όπως για παράδειγμα ο αγωγός ΤΑP ή οι βλέψεις τόσο των Αμερικανών όσο και των Ρώσων που έχουν εκδηλωθεί για την περιοχή της Αλεξανδρούπολης να μην υπάρχει παρουσία του Πολεμικού Ναυτικού στην περιοχή.

Η περιοχή ευθύνης της Νάυτικής Διοίκησης Βορείου Ελλάδας είναι η θαλάσσια περιοχή και οι ακτές από τις εκβολές του ποταμού Έβρου (σύνορα Ελλάδας - Τουρκίας) μέχρι το Ακρωτήρι Κουτσούμπος (περίπου το Βόρειο άκρο του όρους Πήλιο). Επίσης, περιλαμβάνεται και η νήσος Θάσος.

Η αποστολή της σήμερα είναι η συμβολή στην υλοποίηση των έργων του ΠΝ κατά την Ειρήνη και τον Πόλεμο, μέσα στην περιοχή ευθύνης της. Πιο συγκεκριμένα, η ΝΔΒΕ ασχολείται με τη θαλάσσια επιτήρηση, την παράκτια άμυνα, τον έλεγχο και τον συντονισμό των ενεργειών των διαφόρων Λιμενικών και λοιπών Κρατικών οργάνων και Υπηρεσιών, για την από τη θάλασσα εξασφάλιση της Εθνικής Άμυνας και Ασφάλειας. Επίσης, με την εκπροσώπηση του ΠΝ, τις επιτάξεις, την κινητοποίηση και την επιστράτευση του ΠΝ, μέσα στην περιοχή ευθύνης της.