Ωστόσο, η κατανάλωση καφέ με άδειο στομάχι φαίνεται να έχει αρνητικά αποτελέσματα στο πεπτικό σύστημα, καθώς προκαλεί παραγωγή οξέος σε μεγαλύτερες ποσότητες με αποτέλεσμα να δημιουργεί πρόβλημα στο στο στομάχι. Επίσης, μπορεί να οδηγήσει σε καούρα και δυσπεψία.

Ο Δρ. Ανταμ Σάιμον αναφέρει πως μπορεί να αυξήσει τα συμπτώματα άγχους και να αυξήσει τον καρδιακό ρυθμό, την ευερεθιστότητα και την αδυναμία εστίασης.

Ο καφές, παρόλο αυτά, είναι ωφέλιμος για τον οργανισμό, καθώς σύμφωνα με έρευνες μεταξύ άλλων βελτιώνει τη μνήμη, μειώνει το ρίσκο εμφάνισης διαβήτης, έχει αντιοξειδωτικές δράσεις και προλαμβάνει την κατάθλιψη.