Η δημιουργία του Μεγάρου Μουσικής Θεσσαλονίκης ήρθε να δώσει λύση στην ανάγκη που είχε η πόλη για έναν χώρο στέγασης όχι μόνο καλλιτεχνικών, αλλά και ποικίλων άλλων δραστηριοτήτων.

Το Μέγαρο Μουσικής Θεσσαλονίκης κατασκευάστηκε σε ένα παραθαλάσσιο οικόπεδο 18 στρεμμάτων που παραχωρήθηκε από το Ελληνικό Δημόσιο στην περιοχή του Ποσειδωνίου Αθλητικού Κέντρου Θεσσαλονίκης. Οι αρχιτεκτονικές προμελέτες ήταν δωρεά στο Σύλλογο Φίλων της Μουσικής Θεσσαλονίκης από τον "αδελφό" Σύλλογο Φίλων της Μουσικής Αθηνών, ενώ η χρηματοδότηση για την κατασκευή του έργου καλύφθηκε εξ ολοκλήρου από εθνικούς πόρους, τόσο από το Υπουργείο Πολιτισμού και Επιστημών όσο και από το Β' Κοινοτικό Πλαίσιο Στήριξης. Το συνολικό κόστος ανήλθε στο ποσό των 14.100.000.000 δραχμών.

Ο στόχος που τέθηκε για την κατασκευή του Μεγάρου Μουσικής Θεσσαλονίκης ήταν αυτός ενός σύγχρονου, διεθνών προδιαγραφών πολιτιστικού και συνεδριακού κέντρου, το οποίο να έχει τη δυνατότητα να φιλοξενεί ένα μεγάλο εύρος εκδηλώσεων, από συναυλίες, παραστάσεις θεάτρου και όπερας, μπαλέτα, καλλιτεχνικές και πολιτιστικές εκθέσεις, μέχρι και συνεδριακές εκδηλώσεις.

Σχεδιάστηκε έτσι ένα κτίριο που αφενός πληρεί όλες τις προϋποθέσεις για το σκοπό αυτό, αφετέρου αποτελεί ένα κτίριο ορόσημο, ένα κόσμημα για την πόλη, στο οποίο συνυπάρχουν τα στοιχεία μιας μεγάλης αίθουσας συναυλιών -όπως η εξαιρετικής ακουστικής, πλήρως εξοπλισμένη αίθουσα 1.464 θέσεων, από τις οποίες 1.060 βρίσκονται στην πλατεία, 88 στα θεωρεία και 316 στον εξώστη-, ενός χώρου υποδοχής του κοινού (φουαγιέ), γραφείων για τις διοικητικές και τεχνικές υπηρεσίες, καθώς και όλων των απαραίτητων εγκαταστάσεων για την υποστήριξη των εκδηλώσεων (καμαρίνια, αίθουσες δοκιμών, αποθήκες οργάνων κ.α.). Παράλληλα, έχει ληφθεί μέριμνα για τους πολίτες με αναπηρίες, με την κατασκευή κατάλληλων θέσεων και ανελκυστήρων.

Η εξωτερική εμφάνιση του κτιρίου βρίσκεται σε απόλυτη αρμονία με την ιστορία της πόλης, συνδυάζοντας στοιχεία τόσο από το λαμπρό βυζαντινό παρελθόν όσο και από το μετέπειτα κοσμοπολίτικο ρόλο της. 

Σχεδιασμένο από το διάσημο αρχιτέκτονα Αράτα Ισοζάκι, το κτίριο Μ2 χαρίζει στην πόλη μια μοναδική κατασκευή που συνοψίζει τις αρετές της μοντέρνας αρχιτεκτονικής. Γεωμετρικές γραμμές, μεγάλες γυάλινες επιφάνειες και μεταλλικά στοιχεία συνθέτουν μια εικόνα επιβλητικής απλότητας, που έρχεται σε αντίθεση αλλά στέκεται ισότιμα δίπλα στο γειτονικό Μ1. Γεμάτο φυσικό φως, το Φουαγιέ του νέου κτιρίου απολαμβάνει μια εξαίσια θέα όντας ένας τεράστιος χώρος εξαιρετικής αισθητικής, που εκτείνεται σε τρία επίπεδα ενώνοντας όλα τα σημαντικά σημεία του κτιρίου. Διαθέτοντας εξοπλισμό τελευταίας τεχνολογίας και έχοντας εξαιρετική υποδομή, η Αμφιθεατρική Αίθουσα μπορεί να φιλοξενήσει 500 άτομα ενώ η Επίπεδη Αίθουσα, που χωράει 300 άτομα, μπορεί να χωριστεί σε τρεις αίθουσες των 100 ή δύο των 100 και των 200 ατόμων αντίστοιχα, παρέχοντας έτσι τη δυνατότητα για την πραγματοποίηση μιας σειράς διαφορετικού τύπου εκδηλώσεων. Το κτίριο Μ2 διαθέτει υπόγειο πάρκινγκ 11.800 τ.μ. και 230 θέσεων, διευκολύνοντας έτσι την επιτυχή διεξαγωγή εκδηλώσεων.

Συνεπές με τον πολιτιστικό του ρόλο, το Μέγαρο Μουσικής Θεσσαλονίκης είναι ευτυχές με τη στέγαση Μουσικής Βιβλιοθήκης και Μουσείου Μουσικών Οργάνων στο νέο του κτίριο.

Το Μέγαρο Μουσικής Θεσσαλονίκης εγκαινιάστηκε στις 2 Ιανουαρίου του 2000. Στην ιδιαίτερης λαμπρότητας εκδήλωση παρευρέθησαν πολλοί επίσημοι, ανάμεσα στους οποίους ο Πρωθυπουργός και ο Οικουμενικός Πατριάρχης Βαρθολομαίος. Ύστερα από τον αγιασμό και τις ομιλίες των επισήμων, ακολούθησε συναυλία προς τιμήν τους. Το πρόγραμμα της συναυλίας περιελάμβανε, στο μεν πρώτο μέρος ελληνική παραδοσιακή μουσική από διάφορες περιοχές, νεοελληνική λαϊκή μουσική και μουσική άλλων βαλκανικών χωρών, στο δε δεύτερο μέρος εμφανίστηκε η Κρατική Ορχήστρα Θεσσαλονίκης υπό τη διεύθυνση του Emir Saul σε έργα C. Saint-Saëns, Μ. Χατζιδάκι και Μ. Καλομοίρη, με σολίστ το Γιάννη Βακαρέλη και τη Σόνια Θεοδωρίδου. Την επόμενη μέρα πραγματοποίησε συναυλία η Ορχήστρα των Χρωμάτων υπό τη διεύθυνση του Μίλτου Λογιάδη με σολίστ τη Δόμνα Ευνουχίδου, σε έργα C. W. Gluck, W. A. Mozart και Μ. Χατζιδάκι.

Οι τακτικές εκδηλώσεις του Μεγάρου ξεκίνησαν το Μάιο του 2000. Η λειτουργία του συμβάλει αποφασιστικά στην πολιτιστική, κοινωνική αλλά και οικονομική ανάπτυξη της πόλης. Η δυνατότητα παρουσίασης σημαντικών πολιτιστικών γεγονότων καθώς και η διοργάνωση και φιλοξενία μεγάλων διεθνών συνεδρίων και εκθέσεων, στόχο έχει να μετατρέψει τη Θεσσαλονίκη σε κέντρο πολιτισμού και επιρροής στην ευρύτερη περιοχή της Μακεδονίας και των Βαλκανίων, καθιστώντας το Μέγαρο Μουσικής Θεσσαλονίκης σημείο αναφοράς για κάθε ανήσυχο, ως προς το πολιτισμικό γίγνεσθαι, άνθρωπο.